正常情况下，我们取得增值税专用发票都是进行认证（勾选）抵扣，抵扣的税额就是发票上注明的税额。
操作也很简单，在增值税发票管理系统2.0升级完成后，我们在综合发票综合服务平台进行勾选、统计、签名确认即可。
申报期，申报表附表2会自动采集勾选抵扣信息，填写到附表2的第1、2、35行进行申报。
但是有两张专票，如果你还是按照勾选抵扣方式进行处理，那么你就吃亏了，哪两张专票呢？二哥和大家一起来看看。
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第一张，从小规模纳税人手里购买农产品，取得其代开的3%的专用发票，需计算抵扣进项税。
二哥提醒：这张专票我们应该采用计算抵扣，而不是勾选抵扣。
财税〔2017〕37号文规定，一般纳税人从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和11%的扣除率计算进项税额。
随着扣除率的变化调整。
按财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号规定，从2019年4月1日起纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
所以，目前从小规模纳税人手里购买农产品，取得其代开的3%专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
如果是从小规模纳税人购买，它销售农产品给您代开了征收率为3%的专票含税价103块，即，金额为103÷（1+3%）=100元，税额为100×3%=3元。
您取得这张专票以后，不是按照票面注明的税额3元抵扣，而是按照票面金额100元乘以9%计算抵扣，即税额为9元。
如果你按照3元抵扣，同样支付103，你的成本就增加了，就吃亏了。
计算出税额后，我直接把税额9填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏.
借：成本 94
借：应交税费-应交增值税（进项税额） 9
贷：银行存款 103
3%的专票怎么处理呢？采取不抵扣勾选即可。
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第二种、从设备商取得的13%的设备专用发票，可不按发票上列明的税额抵扣，可享受票面价税合计金额抵减应纳税额的政策。
二哥提醒：这张专票我们应该采用全额抵减，而不是勾选抵扣。
财税[2012]15号规定增值税纳税人2011年12月1日（含，下同）以后初次购买增值税税控系统专用设备(包括分开票机)支付的费用，可凭购买增值税税控系统专用设备取得的增值税专用发票，在增值税应纳税额中全额抵减（抵减额为价税合计额），不足抵减的可结转下期继续抵减。
纳税人购买金税设备，取得一张200的增值税专用发票，税率13%。金额为：176.99；税额：23.01。
可以不按票面上注明的税额23.01抵扣进项税，可以按照200的数直接抵减当期实现的增值税应纳税额。
4、专票做不抵扣勾选处理。
5、账务处理
一般纳税人，购买税控盘时候
借：管理费用 200
贷：银行存款 200
实际抵减同时：
借：应交税费—应交增值税（减免税款） 200
贷：管理费用 200
综上，两种情况其实都不是按票面税额勾选抵扣，而是通过计算抵扣、全额抵减方式取得了更大的优惠。
那么至于专票本身就不能在勾选抵扣了，增值税发票2.0上线之前，大家都普遍采取抵扣同时转出处理，现在，可以直接勾选不抵扣了。
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