股权、股票是股东权益常见的表现形式，鉴于两者在流动性等诸多方面的区别，我国税法对两者采取了不同的课税标准。既往的税收规定对两者的区分是清晰、可循的。而新三板股份相关交易，由于其在税收上兼具了股权和股票的交易特征，现行税法中对其又无具体适用规定，在税收的征免处置中，只能有赖于税务机关自由裁量，地区间、税种间执行口径存在较大差异，给税收公平带来较大挑战。
一、全国中小企业股份转让系统（新三板）概要
三板市场起源于2001年“股权代办转让系统”，主要承接两网公司(即原STAQ系统和NET系统)和退市公司的股票交易，因其内企业来源主要为以上三个方面，称为“老三板”。2006年，中关村科技园区非上市股份公司股份进入股权代办转让系统报价转让，称为“新三板”。
2012年“全国中小企业股份转让系统”正式注册，2014年开始接收全国范围内企业的挂牌申请。全国中小企业股份转让系统（以下简称新三板）是经国务院批准，依据《证券法》设立的全国性证券交易场所，也是继上海证券交易所、深圳证券交易所之后的第三家全国性证券交易场所，主要面向机构投资者和个人合格投资者。出于金融监管考虑，全国股份转让系统的企业未被划入《公司法》第一百二十条和《证券法》规定的上市公司类别，而作为非上市公众公司，适用《非上市公众公司监督管理办法》等金融监管法规。
新三板实行了较为严格的机构投资者和自然人投资者的适当性制度，投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力，主要为财务投资目的而非交易目的。新三板在成立初期，企业股份转让实行协议转让方式，而上市公司股票转让方式包括竞价转让、协议转让和大宗交易，彼时新三板股权与股票的区别较为明晰。但是，随着新三板业务的不断发展，特别是2018年初开始施行集中竞价转让方式，其目前转让方式已经包括协议转让、做市转让、集中竞价，新三板企业股份与上市公司股票之间的界限日益模糊，税务机关在具体税收征免上的自由裁量，不断引起争议。
二、新三板股份的税收属性
股权与股票均代表股东享有的企业权益，对于股份有限公司来讲，其股权表现形式为等额股份。流动性较差的一般企业股份（以下简称一般企业股权），股东多属净值较高的投资者，具备较强负税能力；流动性较强的上市公司股份（以下简称上市公司股票），其持有者还包含众多零散投资者，负税能力较差。同时，我国个人所得税实行分类征收方式，自然人投资损失无法税前扣除，进一步削弱了股票持有者的负税能力。在税收分类上，鉴于两者流动能力和持有目的的不同，给予了不同的税收待遇。
在税收属性上看，新三板股份已经具有股票转让的诸多性质，但又不完全等同于上市公司股票。《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(国发﹝2013﹞49号)规定，“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理。”但是，财政部和税务总局并未就新三板税收政策明确具体标准，实务操作中原则上比照并不能解决新三板税收管理的难题。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第四条“纳税人、扣缴义务人必须依照法律、行政法规的规定缴纳税款、代扣代缴、代收代缴税款”。根据《国家机关公文处理办法》第八条规定，决定适用于对重要事项作出决策和部署、奖惩有关单位和人员、变更或者撤销下级机关不适当的决定事项。因此，决定不属于法律、行政法规、部门规章或行政规范性文件，并不能依据《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》(国发﹝2013﹞49号)对新三板股份的税收属性做出明确认定。
有观点认为，国务院作为财政部和国家税务总局的领导机构，其效力毋庸置疑，应当作为税务处理的法律依据或参照。也有观点认为，相关税收征免只能在现行的税收法律法规体系中作出税务处理，决定并非属于税收法律、法规，而属于方向性文件，无具体执行开始日期，无具体执行标准，无具体执行范围，具有重大不确定性，不具有税收规范文件所要求的确定性和可执行性，不能作为直接税收执法依据，对新三板税收属性的判断，应当在现行的税收法律法规体系中遵循特殊性规定优先等法律适用原则，依法作出税务处理。
在税收实践中，出于保护税基考量，税务机关对新三板股份的税收属性认定标准，存在较大差异，不但地区性口径不一，而且同一地区不同税种间属性判定也不尽相同，这给税务干部带来较大执法风险，也给纳税人带来较大困惑，新三板股份所涉及增值税、个人所得税、企业所得税税收政策亟待明确、统一。
三、新三板股份转让增值税问题
对于上市公司股票转让，根据财税﹝2016﹞36号规定，金融商品转让属于增值税应税行为，按照卖出价扣除买入价后的余额为销售额，依法缴纳增值税。对于一般企业股权转让，不属于增值税应税行为，无需缴纳增值税。同时，财税﹝2016﹞36号规定个人买卖金融商品免征增值税，故新三板增值税问题主要涉及企业类纳税人。
对于新三板股份增值税问题。江西国税营改增指引中明确，新三板的企业转让股权按照国发﹝2013﹞49号规定，按转让上市公司股权计算缴纳增值税。福建国税在资管系列答复中明确，新三板的股票交易行为属于股票交易形式的一种，属于转让有价证券的行为，应按照金融商品转让征收增值税，纳税人核算转让新三板股票销售额时，以取得股票（股份）时的交易价格确认买入价。厦门国税营改增解答中则明确，新三板市场属于全国性的非上市股份有限公司的股权交易平台，目前交易形式有协议转让和做市交易，两者在流动性上存在一定的差异，在总局进一步明确前，视为股权转让，暂不征收增值税。
对于新三板股份来讲，其是否属于增值税所规定金融商品，是争议的核心。财税﹝2016﹞36号《销售服务、无形资产、不动产注释》规定：“金融商品转让，是指转让外汇、有价证券、非货物期货和其他金融商品所有权的业务活动。其他金融商品转让包括基金、信托、理财产品等各类资产管理产品和各种金融衍生品的转让。”《金融保险业营业税申报管理办法》（国税发〔2002〕9号，已废止）“金融商品转让，是指转让外汇、有价证券或非货物期货的所有权的行为。包括：股票转让、债券转让、外汇转让、其他金融商品转让。”由于金融行业涉及大量的金融监管法规，新型金融产品层出不穷，税法对金融商品涵义的规定过于笼统宽泛，导致税收征管实践更多依赖于业内不成文共识，缺乏具体的、可执行的统一标准。从目前规定来看，增值税仅明确了金融商品的类别，对于是否在场内交易，以及是否公开发行未有涉及，导致新三板股份增值税属性无法准确认定，给相关增值税管理带来较大困难。
四、新三板股份股息所得、资本利得个人所得税问题
个人资本市场所得主要包含两个方面，一是股息红利所得，即个人因持有公司股份而享有的企业经营收益；二是资本利得，即个人转让股权出售价格大于买入价格，而获取的资本性利得。
股息所得方面。对于上市公司股票股息所得，根据财税〔2012〕85号规定，实行股息红利差别化政策，即根据持有期不同，分别予以征免处理。对于一般企业股权股息所得，境内自然人无税收优惠，按照个人所得税法股息红利所得，缴纳个人所得税。对于新三板股份股息所得，根据财税〔2015〕101号有关规定，采取了与股票股息所得相同的税收标准，即实行差别化税收政策。
根据以上政策，目前我国对于新三板股份个人股息所得规定较为完善。但对于新三板股份转让的资本利得，则存在较大差异。
对于上市公司股票转让所得，根据财税字﹝1998﹞61号，对个人转让上市公司股票取得的所得暂免征收个人所得税。对于一般企业股权转让所得，按照个人所得税法转让财产所得，并依照国家税务总局公告2014年第67号缴纳个人所得税。
而对于新三板股份转让，由于其税收属性不明，是适用上市公司股票免税，还是适用一般企业股权征税，各地税务机关执行口径同样存在较大差异。在既往的税收实践中，对新三板股份转让征收个人所得税的案例很少，而近年来随着税收管理的严格，个人投资者被追缴个人所得税的新闻不断见诸公开报道。如四川省梓潼县地税局，对投资人张某于2017年8月买卖新三板股票圣迪乐村(832130)所得6780元，征收个人所得税。成都高新地税局，对投资人在新三板转让中联信通（831495）股权，也应按照规定征收个人所得税。扬州地税局披露的案件显示，某企业受让自然人新三板股份，未履行代扣代缴义务，该税务机关责令该企业对自然人股权转让所得履行代扣代缴义务。同时，根据券商公开消息，2018年1月起广东、四川、河南、江苏等多个省份的地方税务局，根据新三板在2016年10月至2017年9月的交易公开数据，筛选了一定额度以上的交易，以“针对高收入纳税人，堵塞征管漏洞”为目的，启动了新三板股权交易税收核查工作。但到了2018年3月，多地税务机关又传出消息，根据上级指示暂停了新三板股权交易个人所得税核查工作，并逐步开展与财政部门沟通协调工作。
根据税收法定原则，税务处理必须严格按照税法规定，对于新三板个人所得税政策，由于缺乏统一的执行标准，仅依赖税务机关依据经济实质做出的自由裁量，不具备政策执行的统一性和确定性，出现了时间性的政策差异和地区性政策差异，对我国资本市场有序发展和横向的税收公平都带来了较大问题。
五、企业所得税股息所得是否适用持有期限制问题
在企业所得税上，对于上市公司股票股息红利所得，连续持有居民企业公开发行并上市流通的股票超过12个月，免征企业所得税。对于一般企业股权股息红利所得，则直接适用企业所得税法免税规定，无持有期限制。
而对于新三板股份，是参照上市公司流通股票，适用12个月持有期免税规定，还是直接予以免税，无具体规定。从新三板股份性质来看，目前并不属于严格意义上的上市流通股票范畴，但随着社会经济的不断发展，其流动性越来越强，并逐渐向股票靠拢。出于鼓励长期价值投资的政策导向，可出台类似持有期免税规定，但在目前框架下，缺失必要执行基础，应当出台补充规定，以落实税收法定主义原则。
综上所述，由于新三板税收属性的模糊，在目前税收征管中，出于种种考量，税务部门可能在增值税中作为股票，予以征税；在个人所得税转让所得中，出于保护税基考虑，又将其作为股权，也予征税，具体税收执行标准还存在时间性往复摇摆；而在企业所得税中，又可能作为股票，根据持有期限制，对股息进行征税。纳税人同一税收行为，人为适用不同税收标准，各地又有不同执行口径，对于征纳关系、税收遵从等等都带来较大负面影响，应尽早予以统一明确。
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